設立のきっかけは、１９９５年に起きた、阪神淡路大震災。
医師でＪＯＭＳの代表である中川泰一の呼びかけにより、災害救助医療ボランティアとして設立されました。そして２００５年11月、特定非営利活動法人（ＮＰＯ法人）として認可されました。
中川は、震災の当日、知人の安否を確かめるため、医療器材をラリー仕様のバイクに積み込み、被災地に向かいました。瓦礫の山と化した被災地の現実を自身の 目で見ることとなり、また、ひとりでできることの限界に直面し、災害救助医療ボランティアを設立することを決意しました。
　その後、日頃から実践に近い状態で、災害救助医療ボランティア活動をおこなうことのできる環境を模索し続けた結果、過酷なモータースポーツである、モトクロスや自身も度々参加するラリーの現場が、もっとも災害時に近い救護を必要とする現場であることに気づきました。
以後ＪＯＭＳは、全日本モトクロスをはじめとして、ロシアンラリー、地方（現在は主に関西）のモトクロス大会などで、災害救助医療の実践を兼ねた活動をおこなっています。